扁桃体化脓的患者，大部分吃阿莫西林是有效果的，少部分吃阿莫西林效果不好，可能是病毒感染造成的，或者是其它种类的细菌感染，对阿莫西林不敏感的细菌感染造成的。扁桃体化脓大部分的病因是细菌感染引起的，以球菌类为常见，链球菌更常见。所以敏感的抗生素是青霉素类的抗生素，阿莫西林是有效果的。对于青霉素过敏的患者，阿莫西林是禁用的，可以通过扁桃体表面化脓性分泌物，做培养加药物敏感试验，可以选用敏感的抗生素，没有耐药的抗生素来治疗效果更好。病毒感染引起的扁桃体化脓，用阿莫西林是没有效果的，可以通过雾化吸入治疗，也可用含片、喷嗓子的喷剂，如果严重的也可以口服或者静脉用抗病毒药物来治疗。
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