甲状腺结节的病因尚不太清楚，但是常见的病因包括缺碘、正常甲状腺组织过度增生、退行性变、放射暴露史、遗传、甲状腺炎症等等，还有一些潜在的致病因素，比如硒缺乏、肥胖，具体如下：
第一、甲状腺结节与遗传有关，有研究显示由于某些酶的缺陷会导致激素合成障碍，使甲状腺激素无法释放进入血液，这种先天性缺陷通常属于遗传性疾病。
第二、缺碘，碘元素对于甲状腺的合成和分泌起着关键的作用，在碘摄入量过低时，可以导致机体的甲状腺激素水平异常，也是甲状腺结节的高危因素，正常甲状腺组织的过度增生也可以导致甲状腺的结节。
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