幽门螺杆菌本身不会引起腹痛，但是引起的一系列疾病可以导致腹痛。幽门螺杆菌可以耐强酸环境生存，是唯一能够在胃内生存的细菌，幽门螺杆菌可引起胃黏膜的破坏，导致糜烂性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡，甚至可以诱发胃癌等等。
幽门螺杆菌导致糜烂性胃炎，可出现上腹部疼痛、腹胀等不适。如果导致胃溃疡、十二指肠溃疡，则可以导致慢性、周期性、节律性的上腹部疼痛。胃溃疡以进餐后疼痛为主，十二指肠溃疡以饥饿疼痛为主，所以幽门螺杆菌感染人体，可以导致一系列的疾病，从而导致腹痛。如果体检中发现幽门螺杆菌阳性，应该进行标准的抗幽门螺杆菌治疗。
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