手足口病引起脑炎可能遗留不同后遗症，如癫痫、智力发育障碍、情绪障碍、运动功能障碍、听力障碍等。脑炎继发癫痫需要接受抗癫痫药物治疗，多数患儿可以控制癫痫发作，需要定期复查，遵守医嘱用药。部分患儿抗癫痫药物疗效较差可以考虑生酮饮食、迷走神经刺激术、癫痫外科手术治疗等。智力发育障碍者需要接受康复治疗或特殊教育；情绪障碍者需要心理科和精神科医生协同参与诊治；运动障碍者控制严重程度需要康复治疗，良好的护理也非常关键；听力障碍者需要五官科医生共同参与诊治，甚至需要配戴助听器。
手足口病引起脑炎可遗留不同后遗症，轻重程度不同，重者可能需要鼻饲喂养、呼吸机辅助通气，轻者症状轻微不影响正常学习和生活。不能一概而论，需要根据具体病情请相关科室协同共同治疗，以最大可能提高患儿生活质量。总之，手足口病合并脑炎早期积极治疗大多预后良好，不一定存在后遗症，但少数患者可以遗留有不同程度后遗症。
