大便气味发酸，考虑与饮食、消化不良、胃肠功能紊乱、肠道菌群失调这些因素有关。平时饮食摄入过多高蛋白食物，比如肉类，而蔬菜、水果摄入较少，脂肪摄入过多难以消化、吸收，会导致大便发酸。消化不良的患者由于胃动力不足，胃蠕动过慢，当人体摄入食物后不能及时消化，食物中的脂肪和糖分不能及时消化，在胃和肠道停留时间长，与细菌发酵会产生酸臭气味。
胃肠功能紊乱的患者因为精神过度紧张、忧郁、焦虑，导致支配胃肠的植物神经受失调，出现反酸、恶心、呕吐、腹胀、消化能力下降、胃肠蠕动慢。粪便在肠道中停留时间过长，与细菌发酵产生酸臭气味排出。肠道菌群失调的患者会导致便秘，粪便在肠道中与有害细菌发酵腐化也会产生酸臭味。
