如果发现肛门上面的骨头隐隐作痛具体怎么治疗，取决于具体疼痛的病因。如果肛门上面骨头隐隐作痛是由于肛周脓肿导致的，建议完善相关的检查，比如局部的彩超，明确脓肿的大小、位置后，采取切开引流的方式进行治疗，同时要选取脓性分泌物做细菌培养加药敏试验，选取敏感的抗生素对症治疗。
如果肛门上面骨头隐隐作痛是由于直肠肿瘤导致的，建议进一步完善检查，明确肿瘤的分期。如果是早期可以采取根治性的手术切除，如果是晚期则采取以化疗、放疗、靶向治疗为主的综合治疗。如果发现肛门上面骨头隐隐作痛，建议还是到正规专科医院系统的检查，明确病因后及时的对症治疗。
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