男性支原体的检测方法包括了支原体的分离培养、抗原，及其核酸成分的检测、血清、支原体抗体的检测。在支原体的分离培养当中，需要根据病人的性别、年龄以及疾病的不同，在无菌条件下男性取尿道分泌物初段尿沉渣、精液、前列腺液等标本，进行培养。由于支原体不耐干燥，标本采集后应当尽快送检，及时接种以避免耽误造成对结果的影响。
支原体的抗原检测目前常用的方法是免疫荧光试验、免疫酶实验来进行检测。支原体的核酸检测主要采用的是DNA探针技术、PCR检测法。血清支原体抗体检测可以为诊断支原体感染提供血清学依据，但是有些无症状者可携带支原体而存在低滴度的抗体。因此，有人认为血清抗体检查在实验检查中用处不大，代谢抑制试验和ELISA法检测是抗体检测的主要方法。
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