通常全准分子与全飞秒手术相比较，目前认为全飞秒激光治疗属于更好的新一代矫正近视办法。全飞秒激光手术主要通过飞秒激光，在角膜基质层内制造出镜片，通过较小切口将镜片取出以矫正近视。而准分子激光实际上需要制作角膜瓣，通过飞秒激光或者板层刀将瓣掀起，在瓣下角膜基质层切削磨制镜片。
通常两种方式目前认为全飞秒激光因切口较小，同时没有制作结膜瓣而不易发生干眼以及感染，属于安全、可靠的手术方式。相比较而言，准分子激光手术因要制作结膜瓣，易发生瓣偏位、瓣下浑浊且切口较大易发生感染。在临床中认为准分子激光手术优点弱于全飞秒激光手术，但由于部分患者情况特殊，比如患者度数较大、角膜功能不良甚至需要二次手术时，也可选择准分子手术，但一般认为全飞秒激光手术较安全。
