替诺福韦二吡呋酯片的副作用主要是对肾功能的影响，长期服用该药的患者有可能出现血肌酐升高、蛋白尿或者低磷血症。如果出现上述不良反应，需要停药，换成丙酚替诺福韦继续服用。其它少见的不良反应主要有皮疹、全身乏力，以及消化系统症状，表现为腹泻、腹胀、恶心、呕吐，以及淀粉酶、转氨酶升高，还可引起电解质紊乱，如低钾血症、乳酸酸中毒。可出现肌肉骨骼疾病，如骨痛、骨折，以及骨质疏松等，其它少见的不良反应有抑郁、头晕、失眠、焦虑等等。
