孕酮低和精子有可能会有关系，也有可能会没有关系，具体孕酮低最主要原因是因为胚胎的质量不好，也就是胚胎可能会患有先天染色体的疾病，或者是先天基因异常，因此在胚胎逐渐生长发育的过程中，绒毛膜促性腺激素水平分泌不足，从而对于孕酮的刺激产生也会出现不足的状态，所以精子质量好与坏，直接就决定胚胎的好与坏、胚胎的质量，当然也就决定胚胎的生长发育，因此从这个角度上讲，它与精子的质量是有一定关系的。
还有些情况也有可能和精子没有关系，比如如果胚胎自身是没有问题的，但是由于母体本身的黄体功能不足，在这种情况下也有可能会导致在怀孕早期出现先兆流产，进行相关血液学检测时发现孕酮水平偏低。如果出现这种情况补充相应的孕酮效果会非常良好，而且胎儿未来生长发育也是完全正常的。
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