植物神经官能症首先可以用一些调整植物神经的药物，常用的有谷维素，也可以用一些中成药，包括乌灵胶囊、枣仁安神胶囊也可以调整，对于一些比较严重的患者，特别是有失眠，可以用一些安眠的药物，如果入睡困难可以用思诺思、佐匹克隆。
如果是睡眠维持障碍，可以用安定和舒乐安定类，还有用一些调节植物神经症状的药物，包括5-羟色胺再摄取抑制剂，舍曲林、氟西汀、帕罗西汀都可以改善症状。还有就是去甲肾上腺素再摄取抑制剂可以改善植物神经官能症躯体化的障碍，包括腹部的症状，还有心脏的症状等，都可以用文拉法辛改善这方面。还有就是要通过对症治疗，比如腹痛可以用胃肠道蠕动的药物，心绞痛或者心率加快等等，可以用心脏的血管扩张药物改善。
