脑梗应该先去神经内科治疗，但过程中可能会牵涉到其他科室，具体情况要根据病因、发展阶段决定。疾病超早期即脑梗刚发生1-2小时，需要到急诊科、卒中中心或者急诊神经内科治疗，在相应的科室进行溶栓治疗，几周后可能会转到普通的神经内科病房进行后续治疗。
根据具体导致脑梗的原因又要去不同科室，比如卵圆孔未闭，或是心脏瓣膜疾病引起的脑梗，除到神经内科就诊外，还要去心内科。如果需要手术，比如进行卵圆孔封闭术，还需要去外科手术治疗。在不同时期选择的科室也不同，急性期应该去神经内科。待脑梗逐渐恢复后，药物已经不占重要位置，以康复治疗为主，此时应该去康复科，进行器材类、主动或被动的康复治疗，还可以去中医科进行针灸治理。
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