亚临床甲减可以通过药物治疗将其治好，但是并不能断根。亚临床甲减通常提示甲状腺激素正常，但是促甲状腺激素水平升高。如果促甲状腺激素水平＞10μIU/mL，通常建议应该用左甲状腺素钠进行替代治疗。如果促甲状腺激素水平在10μIU/mL以内，但是超过正常值范围的高限，而且患者有甲状腺体积增大、血脂代谢异常、甲状腺相关抗体水平明显升高，也建议使用左甲状腺素钠进行替代治疗。
通常亚临床甲减经过左甲状腺素钠进行替代治疗以后，TSH水平可以恢复到正常，也就是甲状腺功能可以达到正常值。但是通过这种治疗即使达到临床缓解，逐步停药以后仍会恢复到亚临床甲减的状态，所以必须长期坚持服用左甲状腺素钠。
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