肝部钙化灶的形成原因很多，主要包括肝内胆管结石、肝内创伤、慢性炎症、某些钙磷沉积的异常、寄生虫感染、先天性发育异常，或者良恶性肿瘤钙化等，都有可能形成肝部钙化灶，但绝大部分的肝内钙化灶还是见于炎症性创伤或结石等。
肝部钙化灶一般不需要特殊处理，只需进一步检查排除是否有肝功能损伤，或者有引起肝功能损伤的相关病因，如乙肝、酒精肝等。肝钙化灶多为长期稳定的存在，并不会出现明显的进展或消退，定期复查、随访即可。
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