囊肿的微创手术，通常情况下指的都是腹腔镜下的卵巢囊肿剔除手术。需要在麻醉下建立气腹，就是将气腹针进入到女性腹腔内，并且充入一定的气体，充入气体保障气腹建立，目的是为了保障手术空间以及探查的视野，将会在腹壁进行打孔，将腹腔镜观察系统探入到女性腹腔内，对于病变位置、病变大小，以及病变性质进行初步的测定。将腹腔镜的手术器械从单孔或者多孔内探入到女性腹腔内，进入腹腔内之后将会在可视操作系统下观察，并且将病变部位的囊肿暴露。
如果囊肿较大，尤其是囊肿内可能是液体，可以通过穿刺针将囊肿内容物吸出，就可以将囊肿体积进行缩小。选取血管薄弱的区域进行切口，会分离正常卵巢组织，以及病变卵巢囊肿的囊皮部位，将其沿着疏松的部位分离，直至将卵巢的囊肿完全剥除出去，将病变的卵巢囊肿组织放入到取物袋中，都会从右下腹部较大的切口部位将取物袋取出，因此能够将卵巢囊肿完全的取出。
在剩余的卵巢镜健康的部位由于会有出血以及渗血，还需要进行止血的治疗，比如可以选择电凝和缝合。当创面被完全止血治疗操作结束之后，手术基本上也就完成了，而被取出来的卵巢囊肿组织将会被移送到病理科进行下一步的病理检查，从而才能够判断肿瘤的良性或恶性，并且根据病理结果决定下一步治疗的措施。
