自发的豆芽，一般不会添加各种肥料等等的添加剂，因此是相对安全的，吃了以后不容易中毒。但是如果吃了被细菌污染或者是被霉菌污染，变质的豆芽，容易出现中毒的情况。豆芽是生长的环境是温暖和潮湿的，这种环境是肠道杆菌以及李斯特菌等细菌容易生长的环境，如果被细菌污染的豆芽，吃了以后容易出现中毒反应。
另外，如果吃了放置时间过长的豆芽，有可能被霉变，或者是被细菌污染，会出现食物中毒的反应，主要的表现就是头晕、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应，严重的会出现脱水、电解质紊乱等等情况。如果出现食物中毒的情况，要前往医院就诊，可以洗胃、导泻，再给予对症的止泻、补充电解质、补水等等对症治疗。
