心脏穿孔可以发生在右心室、右心房、左心室和主动脉等位置，通常是心内膜心肌活检常见的危险并发症，其发生率与操作者的技术熟练程度相关。轻症患者并非真正的穿孔，只是手术取活检时，手术钳达心膜下引起渗血性心包炎，一般无需特殊治疗，卧床休息数日即可恢复。但是严重的穿孔可导致大量的心包积血、心脏压塞等危险，需终止活检手术，立即实行心包穿刺抽液，必要时行心包开窗引流术或心包切除术等。
心脏穿孔也可能是急性心肌梗塞后室间隔穿孔、心脏室壁瘤、外伤等原因导致的穿孔，如果在短时间内出现严重休克、血胸、心脏濒于骤停等患者，通常比较危险，可能会在数分钟之内发生死亡，所以应及时通过急诊手术治疗，如介入封堵术或体外循环心内直视修补术等方法。
