甲状腺功能低减症通过补充甲状腺激素来治疗甲减，治疗的目标是使血清促甲状腺激素和甲状腺激素的水平恢复到正常范围，通常需要终身服药，治疗剂量取决于患者的病情、年龄、体重和个体差异。儿童需要较高的剂量，妊娠时候替代的剂量需要增加，老年人需要较低的剂量，而左甲状腺素钠使用的半衰期是七天。所以可以每天早晨空腹服用一次，和食物药物间隔半小时以上，起始的剂量和达到完全替代的剂量需要时间，要根据年龄体重和心脏的状态。
如果小于50岁，既往没有心脏病史，可以尽快达到完全替代的剂量。50岁以上的患者服用左甲状腺素钠，要尿常规，并检查心脏的状态，每1-2周进行剂量的调整，要达到治疗的目标。对于有缺血性心脏病的病人，剂量要小，而且调整的速度要慢，防止诱发或加重心脏病，补充左甲状腺素钠，重新建立下丘脑-垂体-甲状腺轴的平衡，一般需要4-6周。所以治疗初期每4-6周测定甲状腺激素的指标，然后根据检查结果调整左甲状腺素钠的剂量，达到治疗的目标。治疗目标达到以后，每6-12个月复查一次甲状腺激素的水平。
