胃肠道间质瘤晚期患者，通常为已经出现复发或已经存在转移的患者，胃肠道间质瘤出现复发转移情况下，通常以内科靶向治疗为主。目前治疗胃肠道间质瘤，除常用药物伊马替尼外，还有苏尼替尼、瑞戈非尼、阿帕替尼、瑞派替尼等较多药物。
晚期间质瘤治疗还是以内科治疗为主，通过内科治疗，部分晚期胃肠道间质瘤患者，仍可达到根治性手术切除目的，获得较好治疗效果。胃肠道间质瘤的患者，如果出现肠梗阻、肠穿孔、严重出血，虽然为晚期胃肠道间质瘤患者，仍需要进行手术或其它介入方法，通过综合性治疗手段，使晚期胃肠道间质瘤患者，达到较好的治疗效果。
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