静脉窦血栓一旦发生，应尽早使用抗凝药物，抗凝药物是静脉窦血栓最好的治疗方式，但在急性期通常不使用口服药物，指南中推荐的药物为低分子肝素、普通肝素。这种情况是基于目前的实验学证据，而如果度过急性期以后，继续进行抗凝治疗，可以使用华法林、新型口服抗凝药，比如利伐沙班等。
在整个静脉窦血栓的治疗过程中尤其需注意的是预防颅内压的增高，因为颅内压增高可能导致病人出现脑水肿以及脑疝，直接压迫脑干可能会导致病人死亡。所以，病人一旦出现剧烈头痛、呕吐的情况，应该给予及时的降颅压治疗，必要时进行头部的去骨瓣手术，以减轻颅压。
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