角膜穿孔需进行对因治疗，病因包括感染性因素、外伤等。
治疗原则是先让穿孔部位闭合，采用结膜覆盖、羊膜移植，甚至板层角膜移植等手段堵住穿孔位置，具体如下：
1、感染性因素导致：治疗方法是控制感染，比如细菌、病毒、真菌引起的角膜溃疡，在造成穿孔前需要进行抗炎处理，以控制病灶、控制病情、避免穿孔；
2、外伤导致：需要判定伤口干净程度、是否有虹膜嵌顿、晶体物质嵌顿，从而决定虹膜是否还纳、角膜穿孔是否能够进行一期缝合。角膜穿孔后的缝合，尤其是一期缝合，需要对脱出物质进行处理，避免感染性物质进入眼内。如果虹膜表面已经出现膜状物，则需要切除。如果有玻璃体嵌顿也要进行清理，避免嵌顿物质引起进一步损伤，如视网膜脱离。
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