通常情况下真正的甲状腺功能减退症是无法彻底治愈的，需要长期应用左甲状腺素钠片替代治疗，维持甲状腺功能在合理的范围。 左甲状腺素钠片的替代治疗剂量，是根据患者的病情年龄，以及个体情况来确定。
首次服用左甲状腺素钠片，一般是服用药物六周后复查甲状腺功能，再根据甲状腺功能调整左甲状腺素钠片的剂量，直至甲状腺功能正常。当然也有特殊类型的甲状腺炎，如亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎，在其临床演变过程可能表现为一过性的甲状腺功能减退症，大多数患者不需要长期应用药物治疗，后续甲状腺功能可以自行恢复正常。
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