盐酸特比萘芬是有副作用的。药品上市后，药物不良反应报告显示此药耐受性良好，常规使用副作用大多为轻至中度，且常为一过性的。最常见的副作用有胃肠道症状，如胀满感、食欲不振、恶心、轻度腹痛、腹泻，以及轻型的皮肤反应，如皮疹、荨麻疹等。
个别严重的患者皮肤反应，如中毒性表皮坏死松解症，若发生进行性的皮疹则应停药。患者罕见出现味觉改变，包括味觉缺失，一般停药后几周可恢复，极个别病例会发生肝胆功能不全，及中性白细胞减少。此药属于处方药，必须在医生指导下合理使用。患者如过正在使用其他药物，为防止药物相互作用而影响治疗，请服药前告知医生。
