临床上不同支原体感染的病因也各不相同，支原体是一类介于病毒与细菌之间的原核细胞微生物，临床上常见的致病性的支原体包括肺炎支原体、人型支原体、生殖支原体和解脲脲原体。其中肺炎支原体可导致人体上下呼吸道感染，如鼻咽炎、气管炎肺炎等，肺炎支原体的传染源是患者以及支原体携带者在其呼吸道分泌物中含有大量的肺炎支原体，可通过呼吸道飞沫使易感者感染。另外，直接接触感染的口鼻分泌物或间接接触被分泌物污染的毛巾、衣物、餐具等也可导致感染。
人型支原体、生殖支原体和解脲支原体可引起人体泌尿生殖道感染，这种病原体主要通过性接触传播引起尿道炎、前列腺炎等泌尿生殖道的感染。还可引起流产后的发热和产后发热，另外在分娩期间可经产道使新生儿感染，使其出现肺炎或脑膜炎。
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