乙肝小三阳会发生恶变。乙肝无论小三阳还是大三阳，都会自然演变乙型肝炎、肝硬化、肝癌。乙肝小三阳也会导致肝脏损伤，如不能及时治疗和控制乙肝病毒，反复发生肝功能异常会导致肝纤维化。如果肝纤维化得不到有效治疗，就会发展为肝硬化，肝硬化的结节也会发生异常增生，会导致原发性肝癌。肝脏癌变不能及时手术、介入、放疗及基因靶向治疗，在发现肝癌之时起，生存期约三个月至一年。乙肝小三阳恶变另一方面是传染性方面，由病毒复制量逐渐减少或不复制，传染性相对较弱的小三阳转变为病毒大量复制传染性强的大三阳。当乙肝小三阳进行肿瘤化疗、器官移植后的抗免疫排斥治疗，或者乙肝小三阳合并丙型肝炎，丙型肝炎病毒抗病毒治疗之后发生了清除，都会导致机体免疫失衡和病毒间对抗失衡，小三阳转为大三阳。
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