如果检查报告中提示抗酸杆菌为阴性，则考虑该标本中未有结核分枝杆菌的检出。但是如果是阴性，也不能排除有结核的感染。由于结核分枝杆菌在各标本中检出率相对较低，该检查也只是有辅助的作用，还应该结合其症状、影像学检查以及其他的结核菌检查。如该患者有长期的低热、持续的咳嗽、咳痰、咯血、胸闷气短等不舒服的症状，同时PPD提示强阳性、肺CT有明确的结核病灶，即使为阴性也可以确诊为结核病，应该按结核的治疗方式系统的用药。
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