颅脑MR即颅脑核磁平扫，没有过多危害，仅可能出现部分患者不耐受。精神疾病患者，如幽闭恐惧症等精神疾病患者而言，感受到封闭空间所产生的压抑、紧张感，以至于无法配合检查。此类患者通常建议服用镇静类药物，以便缓解紧张情绪。体内放置支架、钉子、起搏器或换过关节，或外伤后放置钛合金金属碎片的患者，除非具备持有金属可以进行核磁的证明，否则不能进行核磁检查。
此外，由于核磁平扫的检查序列较多，可能时间较长，患者需要20-30分钟进行检查。另外，磁场形成时声音较响，噪音较大。核磁平扫没有辐射，孕妇也可以进行检查。对于普通的头核磁平扫，患者也无需增强造影剂，因此也不必担心过敏危害。
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