肾盂肾炎的治疗目的是控制和预防发生败血症，清除进入泌尿道的致病菌，防止复发。常用的药物有青霉素类药物或者头孢类的药物、喹诺酮类的药物都可以进行选择，必要的时候也可以联合使用几种抗生素。如果患者的病情好转，可以在患者退热以后继续用药三天，再改用口服抗生素，以完成两周的疗程。如果效果不佳，应该按照药敏试验的结果，更换敏感的抗生素。特别是对于有复杂因素的肾盂肾炎，其致病菌多有耐药性，应该按照药敏的结果调整抗生素。对于反复发生的肾盂肾炎，还需要使用抗生素预防感染，患者应该按照医生的医嘱来调整用药。
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