注射手足口病疫苗的最佳时间应该是每年的2-3月份，因为国家手足口病流行期间是4-9月份。所以提前1-2个月注射疫苗，在流行期间抗体可以达到较高的高度。对于六个月以上的儿童，就可以开始接种手足口疫苗，一般注射两针，两针间隔一个月的时间。
目前我国手足口病的疫苗，主要针对肠道病毒EV71型，而对于埃可病毒或者柯萨奇A16病毒，目前还没有疫苗，主要针对的就是EV71型，而这一型也容易引起比较严重的手足口病。所以对于预防重型的手术口病，还是可以起到一定的预防效果，但是不能够保证不感染手足口病，因为柯萨奇病毒和埃可病毒目前还没有疫苗。
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