目前磁共振检查几乎可检查所有部位。国外一篇文献报道磁共振直接观看皮肤癌，可将皮肤几层结构看清。但不是任何部位均需进行磁共振检查，磁共振检查较有优势的地方为颅脑。脑磁共振提供的诊断，解剖，病理信息最为丰富、最有价值。
目前情况下，脑部其它任何检查方法均无法超过磁共振。而国外目前主张，如果怀疑肝癌、怀疑肝内有病变，应做肝脏磁共振检查，因其优势特别明显。但对于前列腺、子宫附件、肾脏、胰腺检查，超声有超声的优势，CT有CT的优势，磁共振有磁共振的优势。且在超声、CT、磁共振相互之间提供的信息有一定互补性。在通常情况下，患者首先选择最简单、最省钱的办法，如超声先筛查有无病变，筛查有病变后，再进行CT平扫加增强，或磁共振平扫加增强，才可更精准地提供更有针对性的信息。
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