艾滋病病毒侵入人体之后，可以与人体的细胞整合到一起，很难从体内清除，主要是伤及人体的免疫系统，以免疫系统当中最重要的CD4+T淋巴细胞为攻击目标，伤及免疫系统，使免疫功能丧失。
艾滋病在初期，也就是急性期时，可以使CD4+T淋巴细胞迅速下降，之后1-3周内CD4+T淋巴细胞可以逐渐恢复到正常，进入无症状期。然后CD4+T淋巴细胞可以缓慢的继续下降，之后CD4+T淋巴细胞再次快速下降，进入艾滋病期。进入艾滋病期之后，可以出现持续不规则的38℃以上的发热，可以长达一个月以上，腹泻也可以长达一个月以上。出现体重下降，在半年之内体重可以下降10%，引起反复发作的口腔真菌感染，以及反复发作的单纯疱疹病毒感染，反复发生的细菌性肺炎、肺孢子菌肺炎，包括活动性肺结核、深部真菌感染、中枢神经系统占位性病变，中青年可以出现痴呆、活动性的巨细胞病毒感染、弓形虫脑病，以上情况严重时都可以危及生命。
