新型冠状病毒肺炎的核酸检测是采用PCR技术，在鼻咽拭子、痰和其他的下呼吸道分泌物、血液、粪便、尿液等标本当中，检测新型冠状病毒核酸。检测下呼吸道标本，如痰或者是气道抽吸物，更加准确。核酸检测会受到病程、标本采集、检测过程、检测试剂等因素的影响，为提高检测的阳性率，应该规范采集标本，标本采集之后应该尽快送检。
新型冠状病毒核酸检测阳性是确诊新型冠状病毒的金标准，当感染了新型冠状病毒之后，由于标本采集不合格，可能会出现假阴性的情况。如果高度怀疑，而且出现核酸检测阴性，需要重复检测，每次检测间隔时间超过24小时。
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