大便发黑首先要除外食物和药物因素导致，动物的血制品、动物的内脏以及铁剂、铋剂、活性炭成分都会造成大便发黑，这些都属于非病理性的原因。病理性的原因主要是上消化道的出血，可以造成大便发黑，其原因包括食管、胃、上消化道邻近脏器的疾病，以及全身性的疾病累积到了上消化道等等，如食管的疾病，反流性食管炎、食管贲门黏膜撕裂综合征、食管静脉曲张破裂等等，胃十二指肠的疾病如消化性溃疡、急性糜烂出血性胃炎、胃癌、胃泌素瘤、恒径动脉综合症等等。
此外，胆道结石、胆道蛔虫、胆囊癌、胆管癌、壶腹癌出血，也可以引起黑便，急慢性胰腺炎、胰腺癌合并脓肿破溃、主动脉瘤破入食管、胃或十二指肠、纵隔肿瘤破入食管等等，都可以导致上消化道出血从而引起黑便。
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