阴茎根部上面出现疼痛的原因比较多，常见的有以下几种：
1、皮肤相关疾病，比如局部出现皮脂腺囊肿、脂肪瘤、神经纤维瘤等等，都有可能出现疼痛的现象。
2、阴茎频繁充血，频繁进行性生活，造成阴茎根部出现局部的功能障碍、感觉异常。
3、局部出现毛囊的相关疾病，如毛囊炎等等也会出现疼痛。
4、出现阴茎海绵体的相关病变，比如阴茎硬结症等等。
无论哪一种情况，都到当地正规医院进行详细的检查及处理，绝大多数患者可以在短时间内好转或治愈。
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