银黄清肺胶囊上市后的不良反应报告显示，患者大都耐受性良好，副作用较少。偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，饭后服药可以降低不良反应的发生率。极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，停药后一般症状会消失，对此药过敏者禁用。
此药中含有麻黄碱，少数患者用药后会出现心悸、心动过速、高血压患者慎用。但过量服用会增加不良反应的发生频率和程度，可能会引起腹泻、腹痛，甚至出现严重的腹泻，如果服药过量或者出现严重的不良反应应去医院就诊。此药属于非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用比较安全，服药三天症状无缓解，应去医院就诊。
