甲钴胺的用法主要跟治疗不同的疾病有关，如果治疗周围神经病，一般每天3次，每次1片。如果甲钴胺是为了降低同型半胱氨酸，每天1次就够了。同型半胱氨酸与脑动脉硬化有直接关系，可以造成缺血性脑血管病，同型半胱氨酸的代谢需要叶酸、维生素B12和维生素B6，补充甲钴胺可以补充维生素B12，可以有效降低同型半胱氨酸，从而间接预防缺血性脑血管病。甲钴胺降同型半胱氨酸要坚持服用，建议连续服用3年，如果中间停用可能患者的同型半胱氨酸会再次升高，因此甲钴胺每天吃1片对有些患者，尤其对为了降低同型半胱氨酸的患者是有效的。
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