很多便秘的人在刚开始补充益生菌的最初1-4周，会出现好像病情加重的现象，这种现象叫赫氏消亡反应。这种反应的产生，原因是由于有害细菌死亡过程中会释放一些毒素，从而导致症状加重。这些反应症状不是因为服用了益生菌，而是因为占据消化道的有害细菌引起的。其实这个反应是一个好的信号，说明益生菌已经起作用，有害菌正在死亡。服用益生菌产生的赫氏消亡反应的时间通常不会很长，大多数人在两周内就会消失，从而会转向身体康复的阶段。
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