艾滋病主要的危害是病毒会攻击人体的免疫系统。随着病毒在感染者体内不断的复制，患者免疫系统逐渐受损，CD4+T淋巴细胞计数逐渐下降，患者会逐渐的出现各种继发性的感染，例如肺孢子菌肺炎、隐球菌脑膜炎、巨细胞视网膜炎等等。同时由于免疫功能下降，还可以出现各种具有特异性的肿瘤，例如恶性的淋巴瘤、卡波西肉瘤等等。绝大多数的艾滋病感染者最终都死于继发性的感染，因此一旦确诊艾滋病，应当尽早使用抗病毒药物进行治疗，避免免疫功能的下降。
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