植物神经紊乱的原因有心理、社会因素，主要是由于长期的精神紧张、心理压力过大以及生气、精神受到刺激等，还有就是遗传因素，家族性自主神经失调症，是一种少见的遗传性疾患，是自主神经系统先天性功能异常，该病为常染色体隐形遗传疾病，基因定位于9号染色体长臂上的异常。此外，性别因素，女性由于性腺的内分泌和某些生理过程等引起，男性多受酒精和烟草的影响，生物因素如脑部的感染、肿瘤、外伤、出血、中毒、营养代谢和精神活性物质等器质性病变，均可以直接或间接地损害人脑的正常功能和结构，进而引发精神障碍。
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