不同乙肝的患者口服抗病毒药物的疗程不同，对于肝炎急性发作的患者，口服抗病毒治疗的疗程要等到乙肝表面抗原转阴。每个人乙肝表面抗原转阴的时间都不同，因此口服的时间并不确定。
而对于乙肝引起的肝硬化，甚至肝癌，患者需要终身吃药，不能够停药，这样才能够延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。乙肝携带者建议每半年定期进行肝病体检，体检的目的主要是随访是否有肝炎的发作，如果一旦出现肝炎发作，就需要口服抗病毒药物进行治疗。一线的抗病毒药物就是恩替卡韦及替诺福韦，能够有效抑制乙肝病毒的复制，但无法彻底清除乙肝病毒。
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