糖皮质激素减低的原因非常多，发生在肾上腺本身的疾病，引起原发性糖皮质激素减少，比如像类固醇激素合成酶缺陷、先天性的肾上腺皮质增生，或者是由于手术出血、肿瘤、药物破坏造成肾上腺结构损伤，引起糖皮质激素减少。如果是肾上腺发育不良，也可引起原发于肾上腺的糖皮质减少。如果是ACTH抵抗，也是发生于肾上腺本身的先天性糖皮质激素缺乏。
如果是下丘脑或垂体疾病，可以引起继发性或三发性的糖皮质激素降低，比如有先天性的基因异常或后天性的垂体肿瘤、手术或炎症，甚至放射性治疗。糖皮质激素在治疗各种疾病时，由于时间用长、剂量大，可以造成糖皮质激素撤药综合征，也是由于外援使用糖皮质激素以后，引起散发性的发生于下丘脑的糖皮质激素降低。
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