小儿细菌感染后发烧是细菌感染某器官从而产生毒素，使身体机体的免疫机制被激活，从而身体与细菌发生抗争表现为发热的结果。不同的器官感染会有不同的表现，同时化验血常规会出现明显的白细胞和中性粒细胞以及C反应蛋白升高。当呼吸道细菌感染时会出现咽部疼痛、扁桃体化脓或者咳嗽、咳痰、发热等症状，消化道感染时会出现腹痛、黏液脓血便，当中枢神经系统感染时会出现高热持续不退、惊厥、精神萎靡或烦躁不安等，当泌尿系统感染时会出现尿频、尿急、尿痛等。所以不同的系统受损会有不同的表现，需要到医院进一步的检查以明确病因，给予抗感染和退热治疗。
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