治疗低T3综合征是治疗原发的基础疾病，低T3综合征主要是患者一般情况较差，存在慢性、严重的基础疾病所导致，如严重的肝脏疾病、肿瘤性疾病、慢性感染等，都会导致人体出现低T3综合征。由于在这种慢性、严重的状态下，人体T4向T3转换减少，而T4向反T3转换增多，是机体降低代谢水平的一种自我保护。
低T3综合征会随着慢性基础疾病的治疗好转而逐渐好转，并不需要使用左甲状腺素钠进行替代治疗，在低T3综合征的状态下，有些患者误使用左甲状腺素钠进行替代治疗，会导致病情变化，所以对于低T3综合征最重要的治疗就是治疗原发疾病，同时加强对症支持处理。
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