上完厕所肛门疼的原因，可能是肛裂，以及其他原因等，具体如下：
一、肛裂：肛裂是因为患者大便干燥、排便困难，在排便的过程中，将肛管皮肤全层撑裂所导致的疾病，会表现为排便时出血，以及明显的肛门疼痛症状。一些慢性肛裂也会表现为便后的周期性疼痛，而且持续时间比较久。对于急性肛裂可以通过保持排便通畅，以及局部使用药物，促使肛裂裂口愈合。对于慢性肛裂，需要考虑行手术治疗，将慢性溃疡的裂口切除，使其重新愈合。
二、其他原因：可能是其他疾病所引发的症状，例如肛窦炎、肛管炎，以及粪便的刺激，也会造成患者出现排便后肛门疼痛症状，可以使用痔疮栓塞入肛门来缓解症状。
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