根据理论而言，基因重组疫苗优于灭活疫苗。灭活疫苗主要是在体外选择的免疫性较强的病原体，进行人工繁殖，再通过物理或者化学的方法使其灭活，再通过纯化等工艺，最终制成的疫苗。灭活疫苗的免疫性相对更低，所以需要多次注射，而且注射的量也更大，保护期可能相对更短。
基因重组疫苗是采用基因工程的技术，选择部分比较特殊的基因片段，通过病毒载体制成的疫苗，免疫性较强。注射后机体的免疫反应更强，产生抗体的阳性力更高，抗体的滴度也更高。一般注射一次即可，且保护期可能比灭活疫苗更长。因此，基因重组疫苗的保护性以及保护期，可能优于灭活疫苗。
