不同的甲状腺疾病，治疗的方法各有不同。如果是发生甲状腺功能减退症，可以给予左甲状腺激素替代治疗，一般是从小剂量开始，逐渐加至能够完全替代的剂量。
如果是发生弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进症，可以用药物治疗，也可以用核素碘-131或者甲状腺手术治疗，三种治疗的方法各有利弊，要根据患者的具体情况来决定。如果有些患者用口服药物产生过敏反应，不适宜用口服降糖药物，需要用核素碘-131或者甲状腺手术治疗。有些患者不愿意用放射性核素治疗，只能用手术治疗的方法来解决。
对于急性甲状腺炎和亚急性甲状腺炎，主要采用抗细菌、抗病毒的方法来进行治疗。对于桥本氏甲状腺炎，在没有发生甲减时，一般不需要特殊处理。当发生桥本氏甲状腺炎合并甲状腺功能减退症时，可以给予左甲状腺激素替代治疗。
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