肾结石的患者有时会合并复杂性的尿路感染，临床症状比较重，在选用抗菌素方面，最常见的是使用头孢菌素类和氨基糖甙类。因为导致肾结石合并感染的致病菌以大肠埃希菌和变形杆菌为主，个别会出现金黄色的葡萄球菌。所以，在使用敏感抗菌素时要达到较高的尿中的药物浓度，临床常用的是庆大霉素、卡那霉素，疗程一般1-2周。其次，有头孢菌素类，如头孢曲松、头孢拉定等等。
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