脑CT对大脑有损害，但损害较小，因为CT有射线，放射线对全身可能都有损害，同样对大脑也会有放射线损害。但在临床上部分脑的疾病，比如引起头痛、头晕的疾病以及脑血管病，通常让病人做脑CT，特别急的有急诊的急性脑血管病，权衡这一点射线可以带来的伤害，甚至可以忽略不计。
急性脑血管病的患者要明确是否有脑出血的情况，并进行紧急地治疗。所以即使知道脑CT可能有射线，但在急性期时，也会急救地使用。有部分外伤的病人，脑CT显示更清楚，或者对于脑出血的病人，仍然建议做CT检查，检查带来的射线对病人的伤害非常小。
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