任何的药物都可能会有副作用，制霉菌素也不例外。制霉菌素的主要副作用，是在口服较大剂量时可以发生腹泻、恶心、呕吐、上腹疼痛等消化道反应，一般减量或者停药后迅速消失。但在正常的剂量下，制霉菌素对婴儿一般副作用轻微或者没有。由于制霉菌素口服后在胃肠道不吸收，给常用的口服量之后血药浓度非常低，对全身真菌感染也没有治疗作用。几乎是全部的服药量都通过粪便排出，所以制霉菌素在正常使用剂量情况下对婴儿的副作用可以忽略不计，这种药刚出生的宝宝也可以应用。
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