造成海马体萎缩，通常最常见原因是小时候有过发热和发热惊厥症状，造成海马体萎缩。
还有因为大脑感染性疾病，包括病毒感染、细菌感染，都会造成海马体萎缩。因为海马是大脑最脆弱部分，出现感染、其它脑缺血缺氧，以及外伤等，都有可能造成海马体损伤而萎缩。还有一种原因是癫痫发作，每次癫痫发作以后可造成大脑细胞大量死亡，包括海马体，是最容易受影响的部位。
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